Буковинський державний медичний університет є одним з провідних медичних вишів України, який активно займається науковою діяльністю. Умови війни в
Україні не стали перешкодою для розвитку науки в університеті. Наукова діяльність Буковинського державного медичного університету є досить різноманітною та успішною. Науковці університету продовжують активно займатись дослідженнями та розробкою нових методик лікування різних захворювань, співпрацювати з науковими установами в Україні та за кордоном, а також готувати висококваліфікованих фахівців для медичної галузі.
Основними напрямами наукової діяльності в університеті є: вивчення причин, механізмів розвитку та методів профілактики, діагностики й лікування захворювань людини; розробка нових методів та засобів діагностики, лікування та реабілітації хворих; вивчення питань охорони здоров’я населення; вдосконалення методів медичної освіти та виховання.
Виконуються 40 тем науково-дослідних робіт, з яких три – за рахунок коштів Державного бюджету:
1. Покращання діагностики і прогнозування тяжкості перебігу артеріальної гіпертензії з урахуванням модифікованих чинників та немодифікованих молекулярно-генетичних предикторів у період військового часу.
2. Удосконалення профілактики та лікування туберкульозу з множинною лікарською стійкістю в умовах пандемії COVID-19.
3. Удосконалення напрямків надання допомоги вагітним, новонародженим та дітям раннього віку в умовах воєнного та післявоєнного часу в Україні.
Функціонує Координаційна Рада БДМУ з питань представництва наукових досягнень в міжнародному науково-інформаційному просторі.
Кількість опублікованих наукових праць залишалася стабільно високою. Якість наукових публікацій науковців підтверджується великою кількістю опублікованих статей за кордоном. Репозиторій БДМУ налічує понад 21269 електронних записів, в якому з науковими працями можуть ознайомитися не тільки наші співробітники, але й науковці закладів вищої освіти України та за кордоном.
Щороку університет проводить наукові форуми, в яких БДМУ виступає організатором заходів. Проведення наукових зібрань висвітлюється з використанням сервісу відеоконференцій Web class науково-освітньої телекомунікаційної мережі «URAN».
Буковинський державний медичний університет є Провайдером у системі безперервного професійного розвитку медичних та фармацевтичних працівників.

Університетом видаються 7 фахових науково-практичних журналів: «Буковинський медичний вісник», «Клінічна та експериментальна патологія»,
«Неонатологія, хірургія та перинатальна медицина», «Міжнародний ендокринологічний журнал», «Судово-медична експертиза», «Клінічна анатомія та оперативна хірургія», «Актуальні питання суспільних наук та історії медицини» (українсько-румунський).
Журнали внесено до всеукраїнських та міжнародних баз даних наукової інформації, каталогів та систем пошуку. Науково-практичні журнали «Неонатологія, хірургія та перинатальна медицина», «Міжнародний ендокринологічний журнал» включені до міжнародної Бази даних Scopus. БДМУ увійшов до 17 перших членів Консорціуму ORCID Україна.  Усі співробітники університету зареєстровані та мають індивідуальний профіль науковця ORCID, проводиться наповнення та корекція профілів на постійній основі.
Науковці університету виконують – 6 дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора наук та 98 на здобуття наукового ступеня доктора філософії.
Уже традиційно впродовж багатьох років в університеті проводиться один з найбільших в Україні наукових форумів – Міжнародний медико-фармацевтичний конгрес студентів та молодих учених BIMCO, видається «BIMCO JOURNAL Abstracts Book», який включає тези доповідей молодих науковців.
2 – 5 квітня 2024 року на базі Буковинського державного медичного університету відбувся ХІ Міжнародний медико-фармацевтичний конгрес студентів і молодих учених BIMCO 2024 (присвячений 80-річчю БДМУ). Захід включено до Переліку наукових конференцій здобувачів вищої освіти та молодих учених Міністерства освіти і науки України на 2024 рік.
Популяризацію конгресу BIMCO 2024 у світі забезпечили 7 амбасадорів із 6 країн світу. У роботі конгресу взяли участь 1063 учасників, з яких 645 – молоді науковці, у тому числі 151 представник БДМУ, з інших ЗВО – 494 та учасників з-за кордону – 420 осіб.
24 країни-учасниці: Україна, Австрія, Албанія, Азербайджан, Болгарія, Канада, Хорватія, Великобританія, Грузія, Індія, Індонезія, Киргизстан, Латвія, Литва, Мексика, Молдова, Німеччина, Пакистан, Польща, Португалія, Румунія, Іспанія, Швейцарія, США.